世界最大的体育盛会“WSG -World Sports Games-”将在东京举办。日本为配合开幕式庆祝，结合日本所有尖端技术，世界首创最高时速1000km的“真空超电导新干线”将在新名古屋站和东京新建成的芝滨站之间开通。 在世人目光的注视下，知名大会赞助商汇集的会场遇到突发事件，企业老板相继被绑架。在背后监视这起事件的赤井秀一，以及等待赤井指令的FBI成员们的身影。根据柯南的推理，与15年前的在美国波士顿发生的禁忌的WSG连续绑架事件存在关联，并确定当时的事件也是FBI负责的。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
虽是辣妹却未经历初恋的女高中生·柚子，由于父母再婚的原因而进入了女子高中。因无法交到男友而不满爆发的转学第一天，她与黑发的美人学生会长·芽衣以最糟糕的形式相遇了。不仅如此，她与成为义理姐妹的芽衣开始在同一个房间里生活……！？ 完全相反的两位女高中生，互相排斥又互相吸引。 姐妹的love affair，就此展开！
在青铜圣斗士与冥王哈迪斯的殊死决战中，为了大地上的爱和和平，已经去世的十二黄金圣斗士齐齐复活，用他们最后的信念与力量打通了叹息之墙，从而完成了自己作为女神的圣斗士的使命。不过黄金圣斗士的故事并未就此结束，狮子座艾欧里亚等人不知为何来到了北欧，与之邂逅的莉菲雅认为黄金圣斗士的出现是天神奥丁的旨意。此前安德烈亚斯•里瑟篡夺了希路达人间使者的职位，伙同七名神斗士复活世界之树，企图统治全世界。而另一方，黄金圣斗士们则希望尽快回到女神身边，与哈迪斯完成决战。这是一篇失落已久的故事，是另一段不容错过的传奇…… 本片是车田正美经典作品《圣斗士星矢》连载30周年纪念作品。
