在“神化”时代的东京,充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人,也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人,也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人,也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈,日本政府绝不打算坐视不管——
从人类开始开发宇宙开始进入A.C.(After Colony)纪年,在第一个宇宙殖民地L1完成后百年,地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争,而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維,并在各殖民地和地上展开演说推广其理想,但其在A.C.175遭到暗杀(其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员),随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队(后来的OZ前身)镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子,对地球送入了五架高达,开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”(Operation Meteor)。
所谓“炼金术”,即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一,种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体(怪物)Chemy”,作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体,Chemy为模仿蚱蜢、SL(蒸汽火车)等世上存在的万物所制造。 但是,本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出,一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎,被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”,与回收散落于世间的Chemy的使命。