「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」 在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。 幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。 他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。 夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。 她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。 从海底被打捞上来的亚托莉说道。 「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」 在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——
波多野宪二对高速水上赛艇绕圈比赛中猿之回旋充满狂热，所以他决定成为一个赛艇选手。波多野宪二在大和赛艇学校里学习以超过一年了。跟着他终于获得第一次以赛手资格亮相！！
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
黑暗女王复活篇 阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮亚控制，带走了。阿卫因为失去本性，不再爱阿兔，令他们的爱情结晶豆钉兔也慢慢消失。本来要变成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿卫和豆钉兔心切，竟能独自变成Eternal Sailormoon，自己一个去纳美妮亚那里救人。其他战士也跟著追去，其间被纳美妮亚把她们分开，各个击破，封印在镜中。阿兔终於找到纳美妮亚和迷迷糊糊的阿卫，SuperSailorChibimoon就在阿兔的怀内消失。纳美妮亚诉说自己悲惨的过去，阿兔听了，只感到同情、可怜她，不再憎恨她，愿意让她报复，阿兔相信眾人都会愿意和纳美妮亚做朋友的。被封印的眾战士和阿卫都感动落泪，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重现世上。眾战士集合力量，阿兔变成Eternal Sailormoon，引导纳美妮亚找回她真正的梦想。 嘉拉西亚篇 阿卫要去美国留学，临走前送了一隻订婚戒指给阿兔，二人难舍难离。阿卫上机后，一道强光向他的飞机袭来...就在阿兔送别阿卫时，在机场出现了最新的人气组合---星光三剑侠(ThreeLights)，成员包括星野光、大气光和夜天光。星野和阿兔、阿卫擦身而过，他被阿兔吸引住了。新敌人袭击人类，要找出拥有真正星宿种子的人，但这次的敌人竟然也是美少女战士! 除此之外，又有三位来历不明的美少女战士SailorStarLights出现，她们有时会帮助内部战士。星光三剑侠转校来到十番高中，还坐到阿兔她们的附近。对阿兔有好感的星野，经常和阿兔在一起，而阿兔也对他渐生好感。经过一轮战斗，内部战士和SailorStarLights对彼此的认识加深了，阿兔正想和她们共同作战，外部战士突然归来，并反对和SailorStarLights合作。一天，神秘的小女孩小兔子从天而降，她令阿兔的家人相信她是阿兔的妹妹，从此寄住月野家。小兔子的真正身份没人知道，不过人人都喜欢她。在一次作战中，Eternal Sailormoon的权杖跌在地上，小兔子拾起它时，发出一道温暖的光，小兔子并变身成美少女战士SailorChibiChibimoon。这一道光引起了SailorStarLights和嘉拉西亚的注意。阿兔变身时不慎被敌人见到，敌人於是利用星光三剑侠飞机上的试映会作陷阱，引阿兔到来。在飞机上，为了救阿兔，星野不惜揭穿自己的真正身份 -- SailorStarFighter，也要保护阿兔。星光三剑侠就是SailorStarLights，内部战士的身份也被揭穿。敌人在战斗中偷袭 Eternal Sailormoon，星野扑上去替她挡下那一击，身受重伤。另一方面，小兔子拾得一个红色的香炉，内里有时会有一隻红色的蝴蝶出来飞舞。星光三剑侠发现了那香炉，确定那香味就是他们一直找寻的公主 -- 火球公主独有的气味，便想逼小兔子交出香炉。这时候，敌人出现以黑洞要胁，要夺走阿兔的星宿种子，阿兔为了大家的安全，无奈接受。因为敌人内鬨，黑洞被释放，阿兔和小兔子也被捲了进去。危急关头，小兔子手上的香炉发出强光，火球公主出现。火球公主讲述远古时代的美少女战士大战传说，请求大家帮助找寻希望之光。就在找寻希望之光的星光三剑侠演唱会上，敌人首脑嘉拉西亚出现，杀死了火球公主。美少女战士查出了敌人大本营在银河电视台，美少女战士各自出发，找嘉拉西亚作最后决战。SailorStarLights首先来到，内部战士也在SailorChibiChibimoon的帮助下来到。嘉拉西亚突然攻击，要夺取Eternal Sailormoon和SailorStarLights的星宿种子，内部四战士以身相挡，救了她们，自己则消失。嘉拉西亚对Eternal Sailormoon证实是她杀死阿卫的，Eternal Sailormoon情绪完全失控。外部战士明白自己的力量不及嘉拉西亚，於是想用计骗得嘉拉西亚的信任，乘机把她的星宿种子打出来。首先要牺牲的是 SuperSailorPluto和SuperSailorSaturn，Eternal Sailormoon误以为SuperSailorUranus和SuperSailorNeptune出卖同伴。外部战士的苦肉计因为嘉拉西亚没有星宿种子而宣告失败，SuperSailorUranus和SuperSailorNeptune也消失了。战斗到此，地球上的战士就只剩下Eternal Sailormoon一人，她失去了斗志。经SailorStarLights的鼓励回复斗志的她，再战嘉拉西亚，却惊闻嘉拉西亚就是传说最强的美少女战士 -- Sailor Galaxia! 嘉拉西亚在远古大战后，释放出她的星宿种子 -- 希望之光，然后身体就逐渐被体内的恶魔混沌侵佔了。SailorChibiChibimoon听完，掉下眼泪，原来她就是希望之光，现在觉醒化成封印之剑，请求阿兔用它来拯救银河系。阿兔犹豫，最终还是拿起剑，刺伤嘉拉西亚，不过封印之剑也被嘉拉西亚斩碎，SailorChibiChibimoon消失。阿兔相信仍留嘉拉西亚内心的希望碎片，伸出手飞向嘉拉西亚。 【美少女戦士最後星光各集主題】 第01话(全套第167話) 惡夢之花散開之時! 黑暗女王復活 第02话(全套第168話) Saturn的甦醒! 十位水手服戰士集結 第03话(全套第169話) 邪惡的魔鏡! 被惡夢捆綁的小衛 第04话(全套第170話) 命運的夜晚! 水手服戰士的苦難 第05话(全套第171話) 為了愛! 魔界中的無盡之戰 第06话(全套第172話) 愛的月之力量! 惡夢結束之時 第07话(全套第173話) 告別與相遇! 流星的命運 第08话(全套第174話) 學園掀起一陣風暴! 轉學生是偶像明星 第09话(全套第175話) 目標是成為偶像! 美奈子的野心 第10话(全套第176話) Fighter的真實身份! 衝擊的超變身 第11话(全套第177話) 夢與星星的羅曼史! 大氣的變身 第12话(全套第178話) 露娜看見了! 偶像夜天的真面目 第13话(全套第179話) 敵人?朋友?Starlights和水手服戰士 第14话(全套第180話) 呼叫著星星的光芒! 小遙等人參戰 第15话(全套第181話) 星野與小兔的令人心跳的約會 第16话(全套第182話) 來自宇宙的入侵者! Siren的飛來 第17话(全套第183話) 死亡靈魂的叫聲 恐怖的營區怪人 第18话(全套第184話) 兩個人的夜晚! 小兔的危機! 第19话(全套第185話) 大氣絕唱! 傳達信念之心的歌聲 第20话(全套第186話) 小兔子之謎 超級追擊行動 第21话(全套第187話) 光輝星星的力量! 小兔子的變身 第22话(全套第188話) 恐怖的招待! 小兔的夜間飛行 第23话(全套第189話) 使命與友情的裂痕! 水手服戰士對立 第24话(全套第190話) 揭露的真相! 星野等人的過去 第25话(全套第191話) 光之蝴蝶飛舞之時! 嶄新波動的預感 第26话(全套第192話) 通往夢想的直線道路! 偶像美奈子誕生 第27话(全套第193話) 被偷走的銀水晶! 火球公主出現 第28话(全套第194話) 銀河的聖戰 水手服大戰傳說 第29话(全套第195話) 火球公主戰死! 嘉拉西亞降臨 第30话(全套第196話) 銀河滅亡之時! 水手服戰士的最後決戰 第31话(全套第197話) 銀河的支配者 嘉拉西亞的威脅 第32话(全套第198話) 消失的星星! Uranus等人的死期 第33话(全套第199話) 希望之光! 為了銀河的最終決戰 第34话(全套第200話) 小兔的愛! 映照在銀河上的月光
