小学生木之本樱(丹下樱 配音)是一个平凡的女孩,有一个温柔的爸爸木之本藤隆(田中秀幸 配音)和一个体贴的好友大道寺知世(岩男润子 配音)。一天,在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书,并无意间解除了书上的封印,一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯(久川绫 配音)出现在了她的面前。小可告诉她,自己是守护这本书的神兽,书中封印着名叫库洛牌的东西。现在,封印解除了,它要小樱成为库洛魔法师,它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天,小樱的班上转来了一个名叫李小狼(熊井素子 配音)的转学生,这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。 随着库洛牌的封印,越来越多的角色出现在了小樱的身边,而他们的真正目的,却还不得而知。
故事发生在一年战争期间,正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达,在一次偶然的交火中,结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人,因为正属于敌对的两方,所以不得不互相战斗,在战争中苦苦维持自己的感情;另一方面,斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们,也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
みつけた、熱くなれるもの(魔法少女)をー 祖父のもとを訪れた地図子は、街を守る魔法少女・ベリーブロッサムと出会い、たちまち夢中に。 しかし、敵対する悪の組織「フォッサマグナ」総帥・クロマの攻撃があまりにもパッとせず、2人の戦いは見応えゼロ。もっと、ベリーの活躍を愛でたい地図子はモヤモヤを募らせていく・・・。 「魔法少女をもっと輝かせたい・・・強いてくれ、苦戦を!」 その欲望(?)が、内気な少女を悪の路に導いてゆく―。