本作的故事源于一个都市传说，据闻如果能够收集齐被称为“Platonic Heart”的宝石就能实现任何愿望，但只有被选中之人有资格参加宝石的争夺战，而当中也充满着各种谜团，本作一共有11名主要女性角色，主人公清纯女学院2年级生的伊势岛绫就是其中一人，她们的任务就是要夺回宝石，故事基本在这样的模式下展开。
平凡的高中生神乐坂公人，某一天忽然被绑架到“清华院女子学校”。在那里都是各个名门的大小姐和她们的专属女仆。除了父亲之外，她们对男性一无所知，同时也完全不了解外界的情况。为了让她们习惯跟庶民一起生活，因此把公人绑架到学校。之后，公人与因为孤独一人而相信“亲吻庶民就能实现愿望”的大小姐天空桥爱佳相遇并认识，知道爱佳的烦恼后，决定与爱佳共组“庶民社”。公人在清华院女子学校的生活就此开始。
某日，梦原希在学校图书馆找到一本名叫魔法心愿PDA（Dream Collet）的书，并遇见来自帕鲁米埃王国的可可。可可是为了恢复被恶梦军团破坏的王国而寻找魔法心愿PDA。要使用魔法心愿PDA许愿，必须收集55个光之精灵。美美为了完成可可的心愿，跟其他4名同伴一起变身成光之美少女（プリキュア，Pretty Cure）跟阻碍帕鲁米埃王国复原的恶梦军团战斗。
这是“闪光”与“黑衣剑士”在被如此称呼之前的故事—— 某一天，偶然戴上"NERvGear"的结城明日奈，原本是与网络游戏无缘的初中三年级少女。 游戏管理员告知。“这虽然是游戏，但可不是闹着玩的。”在游戏中的死亡，与现实中的死亡直接相关。 听到这一消息的所有玩家都很混乱，游戏内到处都是凄惨的叫声。其中之一的亚丝娜，在不了解世界的规则的情况下，踏上了看不到顶的钢铁浮游城“艾恩葛朗特”的攻略之路。 在和死亡作伴的世界里生存下去的过程中，亚丝娜遇见了命运般的“邂逅”。以及，“离别”—— 虽然被“眼前的现实”玩弄，但在拼命战斗的她面前出现的，是孤傲的剑士——桐人。
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在里加甸魔法学院学习的威尔‧赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！
“只有学得上级魔法才能独当一面。爆裂魔法之流不过是搞笑魔法罢了”与红魔族之里的这一教训背道而驰，惠惠为了学得爆裂魔法而努力向学，并几乎每天都被同班同学的悠悠发起挑战，过着匆匆忙忙的学校生活。在这样的某一天，她一回家就发现妹妹小米抱着一只不认识的黑猫——！？
