机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
学生会长国齐（鸟海浩辅 配音）外表平凡，神经大条，经常遭色狼骚扰而不自知。被任命为新一任的学生会副会长的知贺（杉田智和 配音）为了保护国齐，便担任起“保镖”一职，护送会长上学放学。在这期间，知贺渐渐发现自己好像爱上了会长，他情不自禁吻了他，二人的关系从此发生变化。 与此同时，一个神秘的入侵者潜入国齐家里，对他进行性侵犯。知贺及时赶到，救了国齐。对于国齐的遭遇，知贺感到后悔莫及，怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实：他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……
