2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
一场名为“REFLECTION”的世界大灾害突如其来，夺走了许多人的生命，幸存下来的人得到了特别的”力量“。 大灾害过了3年，在纽约举行的追悼会，那个”力量“以恐怖主义的形式展示在人们面前。站在染上黑暗的能力者面前的是身分不明的面具男埃克森、身穿金属铠甲的艾盖以及追着埃克森、投身于战斗的少女埃莉诺。 “REFLECTION”为何会发生？目的又是什么？现在，谜团将会解开……
森永哲博（鸟海浩铺 配音）因性格开朗天性善良而被友人赠与了“小天使”的美称，而这位天使爱上的，偏偏是那个恶魔黑面学长——巽宗一（绿川光 配音）。身为同性恋者，居然爱上了扬言要扫除世间一切同性恋的坚定直男，明明知道是绝对不可能完成的爱恋，但却还是无法收回投向学长的热切目光。对于专一的森永来说，只要能和学长在一起，就算是被使唤或者被臭骂，也是一种另类的幸福。 而就在今天，喝得醉醺醺的学长因误食了催情药物而痛苦万分，一旁身为爱慕者的森永怎能不担当起替学长解除痛苦的重大责任？“之后可能会被杀死吧……”怀着这样的觉悟，森永强行抱了宗一。会有怎样的命运等待着森永呢？恶魔和天使的爱情能够修成正果吗？
由于某种力量，让银时突然来到自己所不存在的未来世界。彷徨无助的他，此时邂逅了两位年青人：其中一个青年戴着眼镜，抽出他别在腰间的洞爷湖木刀，将闹事者一举制伏；另一个则是与银时服装相似，带着超大型犬的美女，这两人竟然就是成长后的新八与神乐！更让银时难以置信的是，他除了目睹众人在未来的模样，更看见了冲击性的事实…。究竟过去发生了什么事？要如何才能改变这个没有银时、遍布黑暗与恐怖的未来呢？
国中三年级的学生真中淳平，有一天在学校的屋顶上，偶然目击了一名美少女的“草莓内裤”。于是真中便不断的寻找当初见到的那位美少女是谁。那个美少女的名字是东城绫，然而真中却误以为那位美少女是学生偶像西野司，从此便开始了他们不可思议的关系。 真中在和西野交往的同时，也逐渐的被东城给吸引住了。发现了这种情形的西野，决定隐藏自己心中的情感，和真中进入不同的高中就读。 真中升上高中之后，和新同学外村弘志、北大路五月，和国中时期的好朋友东城、小宫山一起成立电影研究社。他们发现了学校过去所留下的电影比赛应募作品，决定制作出比那更好的作品出来，于是由东城写剧本，真中担任导演，以在文化祭的发表和电影比赛的应募作为目标开始制作电影。 这个故事，就是在这样的背景下，东城、西野、北大路，以及一个年纪小的青梅竹马南户，为了争夺真中所产生的一场恋爱大混战。
