真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。 当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。 当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
リスティア国の片田舎の領地を治める下級貴族、オーンスタイン家。そこには、二人の姉弟がいた。 姉のマリーは、父から剣術の稽古を受けるのが大好きな活発な女の子。 弟のシオンは、部屋に籠もって本を読むのが大好きな内気な男の子。 性格は正反対の二人だが、優しい両親に見守られながら、仲睦まじく暮らしていた。 そんなある日、シオンは『まほう』というものがこの世界に存在するか、父に尋ねる。 しかし、貴族としてそれなりの教養がある父でも、『まほう』という言葉自体を知らなかった。 ましてや、シオンが言う「火とか水とか風とか光とか、何もないところからいろんなものを出したりする」現象など、この世には存在するはずもなく……。 その日から、シオンは目に見えて落ち込んでしまう。 シオンを励ましたいと、幼馴染みで農家の娘のローズに話すマリー。 すると、湖で不思議な現象を目の当たりにして――
这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For JiJiKB.COM All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！
