所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故,芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
在这个世界上,有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。战争结束后,他们结束了使命、失去了容身之处。战争后那不稳定的政局,因战争受到伤害的过去的犯罪者出现了,他们为了复仇而发动了恐怖袭击。这是无序的抗战后、寻求各自的正义而战斗的“妖精兵”们的故事。