「旭丘分校」的学生，仅有五人。 虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。 虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。 悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力， 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”， 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年， 两人漫长且炙热的故事就此展开。
