该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”，但举止、知识、品味、料理、武术等等没有任何事能难得倒他！塞巴斯蒂安的主人，是年仅12岁就位居凡多姆海伍家族的当主——夏尔。夏尔不仅只花了短短3年的时间，就让凡多姆公司成为英国最大的零食玩具制造商，更在台面下为女王执行秘密任务，因此又被称为“邪恶贵族”！塞巴斯蒂安除了负责照顾谢尔的日常生活起居之外，还得帮成事不足、败事有余的家仆们收拾善后。最重要的是，塞巴斯蒂安必须因应谢尔各种任性的要求，优雅达成不可能的任务！“身为 凡多姆海恩家的执事，怎能连这点小事也办不到？”为了主人夏尔，塞巴斯蒂安将尽心服侍、实现主人所有的愿望。
