“你能，和我组一辈子乐队吗？” 高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 爱音不由自主地向她搭话…… 遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
为了保护少女们的安全、而被杀死的椎名和也，作为贵族的第三子——凯因‧冯‧西尔弗特，转生到了梦中所见的那个剑与魔法的世界。按照这个世界的习惯，凯因在五岁时候接受了洗礼，得到了众神的加护…然而因为得到了太多的神之加护，反而超越常人成为了『神之使徒』？
故事开始于一个宇宙中心的一个星球。“银河铁路”的全部的始发站迪斯特尼,主人公有紀学（ユウキマナブ）20岁，继承已故父亲和兄的意思入队守护银河铁路的安全的空间铁路警备队 (通称“SDF”)。SDF，在宇宙中维护银河铁路的运行日程的利益，因为各交通线路发生的事故，自然灾害和救命急救和宇宙海盗的讨伐等。 并与一个谜样的美女蕾拉相遇,她具有人和生物，惑星的命运的预见能力！蕾拉帮助着铁道站的旅行者们而被称为命运的守护者.然而,威胁银河铁道的最大危机迫近,而有纪的命运又会如何呢.
