知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
一天雨夜，青年漫画家西（今田耕司 配音）在地铁站出来遇见了初恋梦中情人弥（前田沙耶香 配音）。西送弥回家途中得知了弥已订婚，随后，他被弥邀请到酒馆喝酒，弥的未婚夫也来了，西虽然嫉妒弥的未婚夫，但自愧不如。这时，黑社会来到店里，原来弥被黑社会所追杀，打晕了弥的男友并要强奸弥，西则蜷缩一旁不敢动弹。黑社会发现了一旁的西，用枪爆了他的屁眼。前一刻，西还沉醉于与初恋梦中情人相逢时的甜蜜，下一刻就肛门中枪，贯穿脑部，死于非命。当西等人上了天堂，西觉得自己死得很难看，后悔人生过得很窝囊，决心再度复活。他们一行人违反神的意旨，并回到地上的世界，却阴差阳错却来到了鲸鱼的肚子里，接下来又将会有什么等待着他们呢……
母亲瑞亚（袁淑珍 配音）将刚刚出生没多久的宙斯（潘文柏 配音）送往了遥远的克里特岛，只为了使他能够远离父亲克洛诺斯（黄子敬 配音）的残暴统治。长大之后，宙斯依然回到了奥林匹斯，联手他的兄弟姐妹们，最终共同推翻了克洛诺斯的暴政，开启了新的时代。 普罗米修斯（雷霆 配音）的盗火行径彻底激怒了宙斯，他将他所在了岩壁之上，遭受着永恒的痛苦。宙斯将封锁着疾病和灾难的潘多拉魔盒赐给了普罗米修斯的弟弟伊比米修斯（陈卓智 配音），不出宙斯所料，伊比米修斯经受不住魔盒的诱惑，将其打开，灾难降临人间，人类来到了濒临灭绝的边缘。
蝙蝠侠与盟友从过去归来仅一天，就发现世界已非离开时的模样。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也集体消失。然而他们还没来得及理清头绪，更离奇的变故接踵而至——黑帮成员开始从天上纷纷坠落。
中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、 中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、高校でこそ彼女を！と願い訪れた神社で、現れた恋の神様から「高校で出会う運命の人は100人いる」と告げられる。しかし神様いわく、運命の人と出会った人間は、その相手と愛し合って幸せになれなければ死んでしまうという……。次々に待ち受ける運命の人との出会い──どうする恋太郎？どうなる100人の彼女！？
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。 诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
そこで出会った謎の少女「アク」や聖女「ルナ」などのGAMEの配下や異世界で出会った仲間たちと共に着々と異世界での地盤を固めた彼は、現実世界に戻る術を探すべく新たな旅へ踏み出した。 「魔王」を中心とした物語が再び動き出す……！
