黑色五叶草：魔法帝之剑

未来，人类把住所迁移到了月球。 让居住在月球殖民地的人们为之疯狂的是“克罗诺斯公司”出品的大型娱乐生存游戏“逃走中”。 那些完成严酷任务，成功从追踪机器人——猎人手中逃脱的人，将获得高额奖金和超高人气，成为少年们憧憬的存在。 拥有超强身体能力的托姆拉飒也，命运般踏入“逃走中”世界。 被转移到前所未有的宏大舞台的飒也，一边面对来袭“猎人”的威胁和种种考验，一边与怪人聚集的逃跑者们一起，以逃脱为目标开始“认真”逃跑！

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

居住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。 他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。 不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。 出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。 此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。

如今，世界进化。 高中生柊诚一老是被欺负，某天学校全体人员突然被传送到了剑和魔法的游戏般的异世界，柊诚一偶然吃了“进化的果实”，由此开始了胜利的人生。

　　1989年，日本。                                    
                               　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。                         

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

　　作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到了一座新的城市，对于哈姆太郎来说，这无疑是一场为大冒险的开端。
　　在新家里，哈姆太郎结识了许多有趣的朋友。来自法国的丽丽（村井每早 配音）似乎对哈姆太郎有着爱慕的感情；野生的大将（伊藤健太郎）总是充当着首领的角色；贪吃又可爱的哆哆（爱河里花子 配音）依旧捧着它的葵花籽。越来越多的朋友加入了哈姆太郎的大家庭，它们建立的哈姆哈之树更是成为了大家欢聚一堂的据点。有了这些朋友的陪伴，哈姆太郎快乐的生活开始了。