1963年，日本横滨。在可以望见海港的小山丘上，松崎家的三姐弟居住于此。她们的父亲亡故，母亲又忙于工作，16岁的长女松崎海不仅肩负起照顾弟弟妹妹的重任，还要负责照料寄宿于家中的客人们的起居。每天早晨，松崎海面朝大海，为过往的船只升起信号旗，衷心祈愿平安航行。乘坐拖船上学的17岁男孩风间俊，每日见证着信号旗迎风飞舞。 东京奥运会即将召开，日本上下试图建立美好崭新的世界，被认为古旧落后的东西理所应当便遭到破坏。在汹涌躁动的时代大潮下，横滨的某所高中也正经历着一场不大不小的纷争。委身于一幢历史悠久的建筑物内的校文化部，承载着数代学生的依恋与回忆，这里更被学生们亲昵地称作“拉丁区（Quartier Latin）”。而如今，这幢古老的建筑面临着拆除的命运。为了保护心中的圣地，在新闻部任职的俊以极其激烈的方式向校方以及同学们传达着保留建筑物的意义。在这一过程中，海也不知不觉参与进来，她提议对“拉丁区”进行大扫除，让人们知道这里是一个多么优雅舒适的所在。借着这一事件，海和俊渐渐熟捻，且相互吸引。但是无情的现实摆在了两个不谙世事的年轻人面前。 “如果讨厌我了，请清楚地说出来。” “我们可能是兄妹。” 战争的残酷，战后的混乱，以及父辈们的爱恋周转，无不左右着海和俊的未来。

自遗迹之中发掘的，古代兵器·机龙。 亡国的王子·路克斯，不知为何进入了培养机龙使的女学园……！？ 围绕着王立士官学园的贵族子女们的，“最强”学园幻想战斗开幕！

塞莱斯蒂安是被封印在月亮上的神属男子。本故事就是从他再次出现在昔日女弟子贝尔坦蒂面前开始的。曾担任最高位神之一的时间守护神贝尔坦蒂老师的他，据说也曾在天界最高评议会上占有一席之地。他为何会被封印呢？原来神也有自己的苦恼。 　　另一位人物摩根。她与主人公一起行动，但并不意味她会听从塞莱斯蒂安。在她时悲时怒的表情背后，摩根到底在想些什么呢？ 　　“这部动画的制作花费了大量的时间和精力。想当初我是看了各种动画片之后决定从事动画制作工作的，如果有人因为看了这部作品而产生与我当时一样的想法，对我来说是最开心不过的了。我相信这部投入了极大热情的作品不会辜负观众的期待”合田导演对动漫迷们自信地说。 　　女神一直在那里……

2007年12月8日に「20th Anniversary ああっ女神さまっ 闘う翼」がTBS及びBS-iで放送。当作品連載開始20周年記念企画と銘打っている。2006年4月から9月までに放送されたTVアニメ第2期「それぞれの翼」のその後の話となっており、今作では2話完結の前後編として綴られている。今回は戦闘部の女神・リンドを中心に物話を繰り広げる回で、天使を喰われたウルド、ペイオース、そしてベルダンディーを救うため、螢一、スクルド、リンドは、魔属のヒルド達と対立する。コミックス24巻から26巻のストーリーが描かれることになっている。今回は神属と魔属との戦いを中心としているため、螢一を除いた人間は登場しなかったが、EDの映像には主な人物達が登場する。