被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
农学博士发明了一颗超级萝卜，他把它锁在了营养舱里。可是粗心的博士却忘了开舱密码。萝卜不能长久呆在营养舱里，必须在30天内把它拿出来。能够开启营养舱的另一个方法是完成幻镜任务。所以，博士将这个任务交给了阿U和他的小伙伴胖仔、阿美和男人婆。可是以兔菲为首的三只兔子早就对萝卜垂涎三尺，它们抢走了幻镜。为了抢在兔子之前开启营养舱拿到萝卜，博士给了阿U等人另一台幻镜。孩子们和兔子们打开幻镜，不停得到任务指引：解密汉字拼音，得到下一个阶段任务地点方位；寻找七巧板，得到下一个任务地点方位；完成英语字母连接，得到下一个任务地点方位。兔子们会在阿U进行任务解析时捣乱，阿U也依靠自己的聪明才智，挫败兔子。于是，一场妙趣横生的对抗赛上演了。
风浩意外发现了风家的秘密，难道世上还有另外一个风家？为了追寻真相，以及找到能拯救师傅的芪花，他独自出去冒险闯荡，还有多少危机和机缘在等着他呢？
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
