《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下，一步步走向富强……
猪猪侠在观看决竞球大赛中，有幸获得明星球员太阳之子签名的决竞球。从此，猪猪侠立志成为职业决竞球运动员。应聘助理教练岗位失败的迷糊与猪猪侠相遇，并与小呆呆、菲菲组成一支决竞球队伍。他们确定共同的目标——夺得联赛冠军。在与超人强队比赛中，猪猪队队员之间缺乏团队合作的弱点暴露无遗。最终大家认清自己在队中的位置，双方打成平手，惺惺相惜，约定一起进军职业联赛。迷糊带队去决竞球协会注册，并报名参加流星联赛。猪猪队开始主动向其它同级队伍挑战。每一场比赛猪猪侠让菲菲专心全力进攻，猪猪侠则接住对方每一个杀球。这让猪猪队在比赛立于不败之地，也逐渐形成自己的风格。
