神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
钢铁飞龙战队少年们发现在海湾城里，出现了一群名为“捕梦者”的神秘怪兽，它们能够激发出人类内心中诸如自私、嫉妒、恐惧等负面的精神能量，以此来控制人类、强化自身。为了打败“捕梦者”及其背后的主使——外星邪恶势力谬博士，少年们再次召唤杰博士发明的神兵机甲，与“捕梦者”展开一次次较量。在这过程中，大家战胜“心魔”，改掉坏毛病，收获了感悟与成长。
超级飞侠们会飞往世界各地不同国家，带领大家领略丰富多彩的地理风光、文化风俗、音乐、美食、动物、游戏等，每次的任务都是一次刺激的、有趣的学习多元文化的旅程。
