神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一个阴雨天的早晨，一小朵云挂在树梢。好奇的孩子们发现了那朵奇怪的云，并小心翼翼的把它带给妈妈。妈妈用这朵云烘烤了一些非常美味的面包。孩子们吃下了面包，开始象云一样在空中飘。当孩子们把云做的面包带给他们正在上班的爸爸时，他们的想法才显露出来，从此爸爸就不会错过早餐了。
猩猩博士设计的风力发电站使动物王国内进入电气化时代，但发电站内的重要零件——金轴在某个夜晚失窃，全国陷入黑暗之中。黑熊警长派大名鼎鼎的猴探长负责侦查，后探长和他的好搭档警犬米卡不畏艰险，迎难而上。经过几番较量，终于将幕后黑手绳之以法。 该剧集动员了中国杂技团、上海杂技团、湖南衡阳环球杂技团、沈阳动物园马戏队、深圳野生动物园、福州动物园马戏队、安徽宿县马戏团、武汉动物园等二十余家动物表演团的“动物演员”，先后获得“飞天奖”、“金鹰奖”、“金童奖”、“金帆奖”、“金鹤奖”、“屈原杯创作奖”等诸多奖项，并被十几个国家电视台引进播出。
本片延续上一部的内容，讲述彩虹小镇阳光幼儿园迎来新的学期，校巴歌德继续负责接送小朋友上下学的工作，逗逗迪迪和他们的朋友虽然有所成长，但新的问题也层出不穷，情绪管理上还需要歌德、老师和家长的引导和帮助，进而学习更多管理情绪的方法。 本片旨在探讨和挖掘三至六岁的儿童在情感发展和完善上的处理方式和解决方法，因为随着交互增多和面对的人物个体多元化，小朋友很容易产生各种情绪波动。因此，需要更好的引导，让他们找到合适的方法转化负面情绪、培养正面情绪，从而成为积极面对生活、待人和睦友好的人。
