喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
体力太差跑不动？老是忘东又忘西！原来人类的烦恼有可能不是自己造成的，而是烦恼星人制造的！还好，智商500的女娃博士用勇气与快乐能量创造出《超迷你战士》来帮助人类打败烦恼！虽然在大决战中暂时打退了可恶的烦恼星人，但是更强大的新烦恼星人又来了，据说他从不犯错，完美至极！与此同时，女娃博士更是面临了新挑战，有着一顶红头发，不可一世的地表最强小学生出现了！来势汹汹的他，到底是敌人还是朋友？面对不断涌现的烦恼与挑战，迷你勇和迷你萌迎难而上，一边努力进化自己，一边为人类不断战斗！有烦恼吗？快呼叫超迷你战士，打败你的烦恼！
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
