《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
猪猪侠在观看决竞球大赛中，有幸获得明星球员太阳之子签名的决竞球。从此，猪猪侠立志成为职业决竞球运动员。应聘助理教练岗位失败的迷糊与猪猪侠相遇，并与小呆呆、菲菲组成一支决竞球队伍。他们确定共同的目标——夺得联赛冠军。在与超人强队比赛中，猪猪队队员之间缺乏团队合作的弱点暴露无遗。最终大家认清自己在队中的位置，双方打成平手，惺惺相惜，约定一起进军职业联赛。迷糊带队去决竞球协会注册，并报名参加流星联赛。猪猪队开始主动向其它同级队伍挑战。每一场比赛猪猪侠让菲菲专心全力进攻，猪猪侠则接住对方每一个杀球。这让猪猪队在比赛立于不败之地，也逐渐形成自己的风格。
兽王争锋冠军争霸赛，只有获得兽王争锋冠军的战队才有资格参加的最高级别赛事，崭新的舞台，全新的规则，新奇的精灵，以及未知的神秘力量——原石之力。在资格赛中获得参赛资格的GOGO战队，将挑战这个全新的赛事，并立志获得冠军争霸赛的第一名，成为名副其实的最强战队。随着比赛的进行，对新规则和新精灵一无所知的GOGO战队，渐渐掌握了规则，提升了各自的能力，越战越勇，并为此四处寻找神秘的原石，战胜了一支又一支冠军战队。同时，参加比赛的战队中有一支面具战队，他们的实力极强，手段凶残，始终给泰羽一种不舒服又熟悉的感觉，当泰羽发现面具战队的天劫正在利用全新的混世精灵收集黑暗力量，并企图用黑暗力量统治地球时，泰羽以及GOGO战队决定不惜一切代价阻止他。更令人意外的是，这个天劫的真面目竟然是坠入岩浆的镐天，不仅如此，他还带着魔焱残留的力量，准备再次卷土重来，让混沌力量及黑暗吞噬这个世界。为了荣誉，更为了世界的和平，泰羽和GOGO战队再次肩负重任，站在了拥有无限力量的混沌巨神镐天的面前。
