神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在现实生活中只是平凡小孩的男主人公小特和女主人公小菲，在梦境世界里却是守护梦想的“超级英雄”。他们带着拥有特殊能力的梦精灵进入到孩子们的梦境中去，化身战士对抗想要扭曲孩子们梦境，获取恶梦力量的梦魔，阻止梦魔统治梦境，为孩子们守护快乐而美妙的梦想世界。该动画每集都会有孩子被梦魔魔拉的恶梦力量所影响，对自己的梦想失去信心，而主人公小特小菲就会在博士的帮助下进入孩子们的梦境，打败梦魔，重新获得梦想。正反派间的激烈对决，幽默搞笑的故事情节，让小朋友们在观看动画片的过程中能感受到正义、友爱、梦想的力量。
大狗阿飞老师在一片森林里给动物小朋友当老师。他曾经的学生小考拉奇酷、猩猩豆豆、小龙佳凯、狸猫明美和企鹅蓝品乘坐鱼形飞艇，正前往老师的所在地，想为老师庆生。 临近目标地，奇酷无意间打开了大屏幕，大家目睹了一场强烈的大地震，并决定立刻成立“奇酷救援小分队”，去救援森林里的动物，并且找到下落不明的阿飞老师。 各类援助很快开赴灾区，动物们也纷纷自救。奇酷等人用自己的能力救助了们小动物，还利用飞船设备解决了一次来势汹汹的泥石流，拯救了小镇。小分队成员们发现了阿飞老师的下落，引来小范围人工降雨，扑灭了困住阿飞老师的大火，救出了阿飞老师和小朋友。，被灾难笼罩的小镇一片狼藉，但废墟中，各种救援人员、小镇居民们的救援行动，让这个经历了灾难的故事，充满了感动与希望。
一天，灰太狼与小羊来到了蕴含丰富知识的图书馆。他们在这里发现了一本百科全书和一部照相机。好奇的小羊们打开了百科全书，却发现百科全书里的内容并不完整。好学的小羊们与灰太狼决定踏出青青草原，来一场有趣的自然探险！一路上他们经过寒冷的北极，与可爱的北极熊赛跑；他们也深入到了奇幻的大海，与聪明的海豚一起玩耍；他们还跑去了草原，观赏壮观的蒲公英百花起飞；他们甚至去到炎热的非洲，与健壮的大象做朋友。通过这种外出探索、与大自然互动的方式，小羊们与灰太狼渐渐学习到了各种新奇有趣的自然科学与生活常识。原本残缺不全的百科全书，渐渐被小羊们修复完整，小羊们也在探险中学习到了丰富的知识，收获了许多珍贵的回忆与友谊。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
