神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
霍雨浩结束交换生生活回到史莱克学院后，和贝贝、徐三石、和菜头等人一起参加了海神缘相亲大会，并在大会上与恢复女儿身的王冬儿相认定情。但没过多久，史莱克学院转来了一个和王冬儿长得一模一样的女孩——王秋儿。新一届全大陆高级魂师学院斗魂大赛在即，霍雨浩一行决定代表唐门出战。
在一个英雄的殿堂中，历代铠甲勇士齐聚。各个主角铠甲回顾自己与邪恶势力作斗争，捍卫人类，保护地球的传奇故事。炎龙侠带着五行的力量对抗来自暗影世界的异能兽，守卫着地球的生灵与繁荣；深谙天地人法合一力量的刑天铠甲，用勇气和坚定的意志击退了邪恶的力量，维护了地球的和平与安宁；在欧克瑟妄图统治世界的时候，拿瓦铠甲利用火、风、水、土的力量阻止了人间的生灵涂炭；来自未来的捕将铠甲，挫败了僵傀们一次次的阴谋，维护了世界的和平与正义。
斯靳恒与黎浅洛的婚礼即将举行，就在这时新娘休息室枪声响起……二人的婚礼是否还能继...
洛小熠、欧阳零、路子涛、玫等人怀抱着各自的愿望来到了俢爵岛，参加了龙骑战轮大赛。
