《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
故事发生在长白山深处的一座神秘村庄——本草村，这里的居民是一群无忧无虑的小精灵。我们的主人公参宝，和他的朋友们——萝卜、茸仔、乌拉草以及小女孩糖糖，一起过着幸福快乐的日子。可是有一天，一个飞碟坠落在长白山上——喜欢破坏美好事物的外星人拉比来了，他的到来打破了本草村平静而快乐的生活!参宝和他的伙伴们用自己的力量，与外星人展开了一场斗智斗勇的保卫战，最终找到了与他们和平共处的办法。
永仙大陆王朝众多，为强健体魄，延年益寿，这里的人们一直保持着仙武同修的传统，修行者一旦达到武道巅峰，便会问询仙道。少年武禹，幼罹横祸，改名换姓，仍换来一场灰飞烟灭，却意外重生回少年时期。预知到家族即将败落，为保护家人和亲族，苏禹决定发奋图强，苦修前世习得的仙门秘法，历经艰辛，为结束悲剧，寻找外公一家冤案真相，不断奔波，一步一步改变命运。
七剑合壁之后，马三娘命丧莎丽剑下，她的尸体顺着河流漂下，在一个雷雨之夜,马三娘从前偷来的雪舍利和雷电的力量相结合竟然让她复活了。万念俱灰的马三娘想起了十二年前被她抛弃的儿子，于是来到雪岛寻子。岁月悠悠，马三娘的儿子阿木已经长成了一位风度翩翩的英俊少年。阿木本性善良，可他身上却有一股邪恶的力量，一旦他动了怒气，额头上的第三只眼就会睁开，并发出强大的能量。马三娘得知阿木的第三只眼是天底下最邪恶的力量，于是企图诱使阿木用第三只眼夺取风、雨、雷、电四大神兽的内丹，进而得到麒麟,好让马三娘东山再起,称霸武林。灾难开始步步紧逼，麒麟危在旦夕。虹猫、蓝兔双剑出鞘，雷霆出击。刀光剑影里，正义与邪恶开始激烈交锋…
