重来吧，魔王大人！R

幼年时，主人公直枝理树因双亲去世而陷入自闭。某日，在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little Busters”的少年们：枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾，他们宣布由于世界面临巨大的危机，不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即，他们来到了近处的蜜蜂巢穴，与蜜蜂们展开了搏斗，最终弄得浑身被蜇伤，又引起了火灾，召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此，他们带领着理树走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动，却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。 《Little Busters》不停的尝试各种新活动，经历了许许多多成败。虽然像傻瓜一样尽做蠢事，但却过得非常快乐。理树也渴望着“这样的时光能永远延续下去就好了”。 长大后五人一同进了全宿制高中。如今已是二年级生的他们，依然过着快乐而温馨的每一天。某日，三年级的恭介提议组建棒球队。在恭介的提案下，为了凑够人数大家开始寻找队员。 随后，理树和铃在一只名为列侬的猫身上找到一张纸条，上面写着这样的讯息：请找出这个世界的秘密……

　　1989年，日本。                                    
                               　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。                         

　　人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！                                    
                               　　让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了—— 

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草薙素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。