超超超超喜欢你的100个女孩子

　　在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips）
　　故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。
　　由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。
　　凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。
　　另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……

　　柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

以史实为基础的关于贞德的另一个故事就此开始了…… 身为贵族之子却整天埋头于研究魔术和炼金术的少年蒙特默伦西，在巴黎的王立骑士养成学校，身边聚集着布列塔尼公爵的妹妹里什蒙等众多的骑士、姬骑士候补，过着慌乱而又充实的每一天。然而，随着阿赞库尔之战的大败，法兰西王国与他们的命运都彻底地改变了。 巴黎陷落，骑士养成学校也被关闭，失去了一切、成为在逃流亡炼金术师的蒙特默伦西，在逃亡途中经过的村子里与不可思议的少女·贞德相遇了……。

　　作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到了一座新的城市，对于哈姆太郎来说，这无疑是一场为大冒险的开端。
　　在新家里，哈姆太郎结识了许多有趣的朋友。来自法国的丽丽（村井每早 配音）似乎对哈姆太郎有着爱慕的感情；野生的大将（伊藤健太郎）总是充当着首领的角色；贪吃又可爱的哆哆（爱河里花子 配音）依旧捧着它的葵花籽。越来越多的朋友加入了哈姆太郎的大家庭，它们建立的哈姆哈之树更是成为了大家欢聚一堂的据点。有了这些朋友的陪伴，哈姆太郎快乐的生活开始了。

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。