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　　现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。
　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。
　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，
　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。
　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”
　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，
　　企图从网络一侧控制人类的世界。
　　主人公少年·新海春，
　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，
　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。
　　隐藏在“App驱动”中的谜团，
　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，
　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？
　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，
　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，
　　现在启动！

　　上杉风太郎（松冈祯丞 配音）是就读于高中二年级的平凡男生，唯一的亮点就是学习方面异常的优秀，每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷，欠下了巨额债务，为了还债，上杉不得不开始勤工俭学，受中野一家人的聘用，成为了中野家五姐妹的家庭教师。                                    
                               　　有些腹黑的小恶魔中野一花（花泽香菜 配音）、个性傲娇厨艺绝佳的中野二乃（竹达彩奈 配音）、大大咧咧沉迷于战国时期历史的中野三玖（伊藤美来 配音）、非常擅长运动的元气少女中野四叶（佐仓绫音 配音）和个性有些要强的傲娇少女中野五月（水濑祈 配音），在这五位大小姐的包围下，上杉能够顺利完成自己的教学任务吗？

这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。                                                                      　　世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——                                                                      　　新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。                                                                      　　从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。                                                                      　　作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。                                                                      　　在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……

　　南波监狱是日本最大的监狱，建立在孤岛之上，关押的都是穷凶极恶危险万分的重刑犯。在这座监狱的漫长历史中，没有一个犯人能攻克这厚重的高墙，越狱成功。双六一（关智一 配音）是第十三监狱的看守主任，人称南波监狱的No.1，他不仅工作十分认真，就连兴趣爱好都要做到最好。                                    
                               　　十三号监狱里关押着四名犯人——有着灰暗过去一心想要越狱的少年Jyugo（上村佑翔 配音）、风流成性只要是女人就来者不拒的Uno（柿原彻也 配音）、虽然身为美国人却对日本动漫异常狂热的Niko（小林大纪 配音）以及人生之中最重要的两件事是吃饭和睡觉的Rock（汐崎艾鲁 配音）。一直以来对自己的能力自信满满的双六一发现，自己竟然拿这不按常理出牌的四人毫无办法。

　　虽然涅吉（佐藤利奈 配音）只有10岁，但他强大的魔法能力使得他足以担负起任教麻帆良学院的重任，只是，性格有些害羞又未经人事的涅吉，要他面对班上31名年长且清纯可爱的女生，这样真的没问题吗？
　　每一个魔法使的身边，都会存在一个保护大的勇士，两人之间要签订契约，生死与共。而一直没有勇士相伴的涅吉，居然在阴差阳错之下，和自己的学生，巨力系少女神乐坂明日菜（神田朱未 配音）签订了契约。除此之外，情报通朝仓和美（笹川亚矢奈 配音），文学少女绫濑夕映（桑谷夏子 配音），阴阳师近卫木乃香（近卫木乃香 配音），这些女孩子们的出现，也为涅吉惊险刺激的生活增添了一份欢乐。