神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，"灭世魔神"路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以及哈莫雷特的种种恩怨…… 不过所有人努力下，帕罗狄亚与哈莫雷特这对好友最后得以重归于好。战神联盟全新集结加入新成员缪斯。当赛尔号抵达恶魔星后，得知星灵王为守护恶魔星牺牲，恶灵三巨头却将恶灵兽再次放出，为此星际探险员赛小息、阿铁打、卡璐璐踏上冒险征程，与冰火星球守护神协助小优守护恶魔星！最终，凭借小优觉醒，与米瑞斯大战恶灵兽超进化邪冥兽，最终与无尽能源为代价化解恶魔星危机！同时在魔神星上，从被净化艾里克口中得知另一颗无尽能源去向。
沈长君因为评论了一下小说剧情，阴差阳错间竟成为了作者原书中的师尊。为了在徒儿第九千夜面前树立一个光辉美好的师尊形象，沈长君开始了自己的完美计划……
