小鸠。

　　故事发生在一个非常炎热的夏天，久坂悠（岸尾大辅 配音）是一名看上去对一切都毫不在意，非常冷漠的男子高中生。某日，一位名叫夜明瑛梦（水树奈奈 配音）的少女出现在了他的面前，而紧随其后对她进行攻击的，是名为魂兽的可怕怪物。
　　魂兽激发了隐藏在阿悠体内的特殊能力，原来，阿悠是一名魂兽使，能够通过操纵魂兽来获得强大力量，然而，操纵魂兽也要付出相应的代价，在操纵魂兽的同时，阿悠的心灵也会遭到黑暗的侵蚀，如果阿悠的精神来到了濒临崩溃的边界，他将彻底的被魂兽所吞噬，再也恢复不成人类的模样。

　　封印不死兽后4年，剑崎等人过上平凡人的生活。但在某天，不死兽再次出现，而且要活捉天音，假面骑士们因此重新投入战斗……

　　26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 　　随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。

　　女高中生相泽智对自己的青梅竹马久保田淳一郎说出“我喜欢你！”的表白，对方却以为是“挚友”的宣言，“充满男子气概”的女孩子想被喜欢的人“当成女生”看待，结果总是加深两人的男子友情，环绕两人的恋爱喜剧。

　　故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
　　同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？

　　在距离地球非常遥远的“星空界”中心，存在着圣域“星之神殿”以及十二星座的星之公主们，她们的力量维持着宇宙间的平衡。然而某天，星之公主们遭到不明人士袭击，变成了12支“公主星光彩色笔”散落在宇宙中。再这样下去，星球将会毁灭，连地球和宇宙都会被黑暗所吞噬……！“众星的光辉消失之时，与闪耀之书一同诞生的传说中的战士·光之美少女，将会夺回星辰的光芒。”来自星空界沙曼星的外星人少女拉拉和在星之神殿侍奉星之公主的宇宙妖精普伦斯依循着宇宙间流传的这条古老传说，带着星之公主们最后诞生下来的希望·芙娃一起离开故乡*，踏上了寻找传说中的战士“光之美少女”的旅途。在地球日本观星町，主人公星奈光，是个喜欢宇宙和星座的中学二年级生，一天，在观察星空并记录星座的星奈光被从突然出现的虫洞中跳出的不明生物芙娃撞上。紧接着第二天，从天而降的火箭也带来了外星人少女拉拉与宇宙妖精普伦斯。真正的外星人竟然出现在自己的眼前了！故事由此展开……

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。                                    
                               　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。                                    
                               　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。                                    
                               　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。                                    
                               　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。                                    
                               　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！