西历2067年，在人类会失去自我并凶暴化的怪病——"狂暴化症候群"蔓延的银河边境之地。 而作为对抗手段而结成的战术音乐组合「WALKÜRE」为了以歌声平定"狂暴化症候群"——她们在星球间奔波、展开着现场演唱会活动。 另一方，同时，被称为「空中骑士团」的「风之王国」所属瓦尔基里部队开始了行动——。 围绕着史前文化遗产之谜，超越星系的热烈团队合作与恋爱故事拉开了幕布。
知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」… 同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇… 兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！
茂野吾郎（森久保祥太郎 配音）从小和父亲本田茂治（子安武人 配音）一起过着相依为命的生活，本田茂治是一名职业棒球手，他对棒球的执着和热血深深的影响了年幼的吾郎，使吾郎对于这样运动有着强烈的憧憬，无奈当时棒球属于小众运动，吾郎好不容易找到了同样喜欢打棒球的佐藤寿也（森田成一 配音），两人结下了深厚的友谊。 一次意外中，本田茂治在赛场上受伤丧命，善良的幼儿园老师星野桃子（野田顺子 配音）收养了吾郎。九岁那年，吾郎终于凭借着自己的努力加入了三船海豚少男棒球队，在那里结识了小森大介（钉宫理惠 配音）、清水薰（笹本优子 配音）和泽村凉太（野岛裕史 配音）等好友。
经历了惊心动魄的沙鲁之战，Z战士更新换代。地球在孙悟饭（野泽雅子 配音）和朋友们的守护下，迎来了七年漫长而又短暂的和平岁月。已变成俊朗青年的每天往返于学校，在此期间结识了撒旦的女儿比迪丽。伴随着全世界的呐喊，阔别已久的天下第一武道大会宣布再度召开。悟饭、比迪丽、18号悟天、特兰克斯甚至从另一个世界告假而来的孙悟空等Z战士高调参加比赛，令坐享其成的撒旦战栗不已。而在赛场上，两名奇怪选手的加盟则拉开了地球新一轮危机的帷幕。在此之后，来自外太空的邪恶魔法师巴菲迪登场，他利用邪恶手段复活了被界王神封印的恐怖对手魔人布欧（盐屋浩三 配音）。Z战士的最恶之战，地球危在旦夕…… 本片系为纪念《龙珠Z》开播20周年而重新修复制作的动画作品。
经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙…… 本片根据松井优征的超人气漫画改编。
タイトルには魔法少女とあるが魔法少女アニメではなく、魔法少女であるくるみが敵と戦う様子をただ傍観している男子中学生3人を主人公としたギャグアニメである。公式のジャンルは「魔法少女傍観系ギャグアニメ」。 アニメ本編は隔週で配信されており、本編の翌週には声優陣によるオーディオコメンタリー番組「せいぜいがんばれ！魔法少女くるみの中の人」を10分枠で配信。
