真道幸路朗，就职于外务省，是一位拥有出色能力的交涉官。一日，在羽田机场，当真道所乘坐的客机准备起飞时，突然上空出现了谜之巨大立方体。“那个”急速地巨大化，并且吞噬了这架载有252人的客机。 巨大立方体名为「KADO(门)」。从KADO中现身的谜之存在——雅哈奎扎修尼那尝试着与人类的接触。而被困在KADO之中的真道，成为了雅哈奎扎修尼那与人类之间负责穿针引线的调停人。 另一方，日本政府派来国际交涉官·徭沙罗花作为代表送到了事件现场。 雅哈奎扎修尼那到底是何方人物？他的目的又是什么？
在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治 配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。 某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织 配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中… 以“无刀”反抗武装少女们的纳村不道会有怎样的命运！？ 此外，似乎与他有着因缘、谜团重重的女帝·天羽斩斩的秘密又是什么呢！？
