这是人类失去了制海权的世界。蹂躏着大海的威胁，就是那「深海栖舰」。可以与这些威胁对抗的只有，被称为「舰娘」的拥有着往昔舰艇的灵魂的女孩子们——。 与深海栖舰进行对抗的舰队据点，「镇守府」。在那里聚集着多种多彩的舰娘。同时，镇守府是舰娘们通过一日一日的演习等互相切磋琢磨技艺、共同生活着的地方。于某一日，在这镇守府，一位舰娘到任了。 她是，特型驱逐舰—。 其名为「吹雪」。 「我叫吹雪！请多指教！」 吹雪的，以及舰娘们的故事，现在开始了。
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。
2005年突然入侵的宇宙海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，统治地球的宇宙海贼的后代“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发动侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻止当年的宇宙海贼改变历史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和未来的超时空大战开始了……
TV动画《妖怪手表》新系列《妖怪手表Jam <妖怪学园Y～与N的遭遇～>》将从12月27日起播出，该作是以12月13日在日本上映的《妖怪学园Y 猫能成为HERO吗》登场的寺刃ジンペイ为主角的、新世界观展开的作品。片头曲由すとぷり演唱，曲名《ギンギラ銀河》，片尾曲《Y学園へ行こう！》为周替版本，ろん、96猫、そらる、＋α／あるふぁきゅん。、莉犬参加演唱。
