原作第5巻に描かれているエピソードを、2021年1月からのTVアニメ第2期での放送に先がけて劇場上映する「『はたらく細胞!!』最強の敵、再び。体の中は“腸”大騒ぎ！」は2020年9月5日より全国の劇場で公開。 そこは人間の体の中――。 たくさんの細胞たちがはたらいている世界。 ある時、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。 乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へと向かうことに。 だが、そこに待ち受けていたものは、望まざる最強の敵との再会だった。 「僕とキミたちのどちらが正義か、はっきりさせよう」 再び現れたがん細胞。そして悪玉菌により荒らされる腸内環境。 体内はかつてない大ピンチに!? 「やめるんだ、がん細胞──！」 この世界を守るため、白血球（好中球）たちは世界の命運をかけた大血戦に挑む！
