擅长捉弄的高木同学

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
　　少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
　　我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……

从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。

　　这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！                        

　　宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
　　RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。
　　其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
　　然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
　　不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
　　宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。