故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
主人公林峰本是天才机器人工程师，为了提升其所研发的超能机器人的机能，他费尽千辛万苦，从深渊之中挖掘出了神秘的上古至宝——祖龙之眸，而正当其欲将祖龙之眸的能量，转化入超能机器人之中时，龙眸内的神力被意外激发，引发时空漩涡，将林峰带到了崇尚武道的古神大陆，转世重生。重生的林峰被封印了前世的记忆，成为了一个只觉醒了治疗系武魂的平庸人士，备受冷眼，甚至惨遭未婚妻的悔婚。其未婚妻的族人为了斩草除根，狠心袭杀林峰。危机时刻，林峰觉醒了关于祖龙之眸的记忆，并惊喜发现龙眸的神力已成功与其所研发的超能机器人所融合。随后，在超能机器人的帮助之下，他逐渐掌控了祖龙之眸的神力，踏上了强者之路。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
