神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
小狐仙瑶玲失手将天国珍宝《圆梦书》散落到了人间，无奈之下，她不得不下凡寻找此物，然而，瑶玲不过只是一个六岁的孩子，凡间有趣的事情太多，她左顾右盼，几乎忘记了要寻找《圆梦书》的使命。 一次偶然中，瑶玲遇见了名为江贤的小学三年级男生，瑶玲答应江贤帮助他实现一个愿望，于是两人结伴踏上了寻找《圆梦书》的旅程。邪恶的黑狐仙亦对《圆梦书》虎视眈眈，她是瑶玲最强劲的敌人和对手。江贤喜欢上了名为瑶兰的女生，然而，他并不知道的是，其实瑶兰正是瑶玲在遇到危机情况后的变身。随着时间的推移，《圆梦书》的下落渐渐浮出水面，瑶玲最终能够完成她的任务吗？
在一个充满超能力与可怕危机的世界，是超级英雄守护着世界的安定。而从出生就被判为无能力者的周舜天，非常渴望成为拯救世界的英雄。在一次意外中，他无意间获得了与超能力完全不同的力量，从此成为另类英雄的他，用自己的方式守护着世界，保护着家人和伙伴，但在他身上，似乎还隐藏着不为人知更大的秘密……
主角星猫是一个想当英雄的顽皮捣蛋鬼。却在无意中闯下了大祸——放出了邪恶的黑魔王，使得天下大乱！星猫被罚带罪立功，在小电脑欧应万的协助下，走访12个国度，集合12勇士的力量，最终打败了邪恶的黑魔王。
