天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
该片讲述了一群孩子，暑假在森林玩耍，从发现“反季节生长的外来生物” 开始，到气温极速下降，从零上 40 多度，迅速降低到零下 30 多度，温差的极速变化，导致大片的植物死亡了，动物和人类生病 了，瘟疫四起，社会混乱。绿绿星球的小朋友看到美丽的家园一片狼藉，被人破坏，决心找到罪魁祸首。经过一番探寻，发现这些都是垃圾人想掠夺星球资源，而搞的破坏行为。于是一场保护“美丽家园”不受侵袭的，“爱绿色有健康”正义之战打响了。"
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
