神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
强红线仙组合强势回归，帮助“下沙篇”主角梵云飞、厉雪扬寻找失落的记忆。
浩瀚的神州大地上，执掌天地法则的神灵老逝，失去了法则约束，黑暗之力蠢蠢欲动，企图颠覆整片大地。 宁辰是沧澜王府内一名普通的护卫，因意外获得吞灵之力而修为大增，原本，他可以就此平步青云，然而，危机却接踵而至，先是王府亲信接连背叛，后有帝国要员倒戈相向。 面对重重困境，宁辰秉承着能力有多大责任就有多大的做事原则，勇挑大梁，和郡主花婉约等人一同迎难而上，化解了一个又一个的危机。奈何敌方诡诈，计谋环环相扣，宁辰等人逐步深入后发现，还有更大的阴谋在等着他们
黑魔王用魔力将在天神星掉落的牙齿，变成龙牙兵到处作乱。能力进化的卷毛去攻击龙牙兵，结果越打越多，正当不知所措的时候，薇薇散发出强烈的净化之光将龙牙兵一举消灭。但是因为黑魔王的牙齿被狗将军误吞，所以龙牙兵还是源源不断的出现。薇薇撞见丑恶的龙牙兵，因恐惧而聚集能量变成水晶球要返回地球，怪卡和爷爷则驾驶水瓶号，藉水晶球能量一起前往地球，水晶球进入异次元通道。 星猫被黑魔王捉住，正在危急关头，水晶球从星猫肚子里的异次元通道飞出…… 为了继续对抗黑魔王，星猫搭乘魔法火车前往地球。黑魔王有了上次败仗的经验，决定改造小黑怪，创造了地魔、水魔、火魔、风魔四个最强黑怪。黑魔王本尊的能量也在逐渐的恢复。星猫连同卷毛、薇薇、怪卡和爷爷和邪恶的黑魔王继续战斗。
阿逗等人历经磨难，终于消灭了通天帮，但七号厨房却永远地被摧毁了，众人黯然之余，姜无牙却神神秘秘地向众人展示了自己发明设计的移动“厨房”，一架巨型飞艇。厨房众人收拾心情，乘坐飞艇，开始踏上了全新冒险之旅。
