《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
以虹猫蓝兔为首的七侠打败了魔教之后,森林大地眼看着恢复了和平，实际上却不得不面临一场更大的灾难。一颗陨星降落在蓝兔宫殿附近，蓝兔因此受到严重辐射而生命垂危，只有天狼门的金晶石才能救治。与此同时，鼠族的大祭司与鼠后则制定了一个阴险的计划:夺取传说中的全部五颗晶石，吸收陨星的能量称霸森林……
莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。
