神城麻郁是一个靠写程序打工赚钱，并且自己租下一间湖畔小屋独自生活的高一学生。这一天在上学途中，麻郁遇见了两位少女，一个是留着一头绿色长发，乖巧内向的小野寺桦恋；另一个则是有着红色短发，活泼外向的宫藤深衣奈。此时的麻郁并不知道，这两位少女将会为他的人生带来翻天覆地的转变……
热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中… 以“无刀”反抗武装少女们的纳村不道会有怎样的命运！？ 此外，似乎与他有着因缘、谜团重重的女帝·天羽斩斩的秘密又是什么呢！？
在经过七个特异点的大战后，人理存续保障机关迦勒底，终于到达了圣杯探索的最终地点——终局特异点 冠位时间神殿所罗门。他们要击败身为罪魁祸首的魔术王所罗门，夺回未来。在开战的前一刻，一行人各自度过了一段时光。罗马尼·阿其曼思索起自己将要做出的选择，以及玛修那即将迎来终点的生命。而即将投身最后一战的藤丸，正在试穿全新的礼装。为了迄今为止的诸多相遇，以及从今往后的诸多未来，藤丸和玛修踏上了最后的战场。
乐于助人的鸠谷小羽， 在初中即将毕业时了解到了啦啦队活动并被其所吸引， 在高中与有过啦啦队活动经验的有马日诘、 青梅竹马的猿渡宇希一起 成立了啦啦队同好会。 她们那积极乐观、拼命努力的啦啦队活动， 今天也能让他人精神振奋！！
