《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
一代武帝被害而陨落，万年之后重生在一位名为秦风的少年身上。觉醒无上神魂，修炼无上武道，从此风起云涌与无数天骄争锋，诸天万界都将因为他的回归而颤抖！
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的，就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜，逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界，却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术，让舒言重新生长，叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱，就步入了女王精心准备的陷阱，她们被女王分别封入了镜空间。
2048年，灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例，在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童，赵飞白以及儿时挚友阿依古丽，艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的，周童将赵飞白，阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间，却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏，一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开
斗魂大赛开始了，立志要振兴的唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下、唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院……
