不久的未来，青少年之间开始盛行着弹珠人竞技，然而在弹珠人竞技界中有出现如此的风声：“传说有个只有被选上的稀有弹珠人参赛者才能参加的‘秘密弹珠人大赛’”。在此同时，其中一位刚接触弹珠人的玩家龙崎翔，伴随着他手上的弹珠人“神威苍龙”，想借由在这场死斗中一路过关斩将，揭露其中“秘密竞赛”的真面目......
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。初中一年级的天之河宙因为启动了父亲留下的被称为“数码暴龙机”的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”。父亲将一只顽皮的数码宝贝“伽马兽”托付给宙，自那天起，宙便被卷入了各种奇怪的事件之中……
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。 季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
近未来的地球——人类因为一种被叫做HUGE的神秘生命体的出现而面临灭绝的危机。 世界豁各国为对付HUGE而合作制作出决战兵器CHARM，使用这些武器、被称为Lily的少女们为保卫世界持续地战斗着。世界各地设立的Lily培训机构“Garden”成为了对抗HUGE、守护人们的据点。 在众多的Garden当中，入读被誉为名门的百合丘女学院的一柳梨璃，和邂逅的伙伴们组成了一柳队，为执行任务而前往东京。以此为契机，鲁德比克女学院、爱伦斯基女学园、神庭女子艺术高校、御台场女学校、相模女子高等学馆，以及百合丘女学院的命运开始交错……
献给全部的宝可梦迷——。 这是两个人的「相遇」和「约定」的故事。 20周年纪念作品，就此诞生！ 精灵宝可梦，简称「宝可梦」。 是充满各种各样的谜团和秘密的不可思议的生物。 有关它们的生态， 还有很多我们不知道的事情。 今天，宝可梦训练家们也一如既往地， 为了和未曾相见的宝可梦相遇， 继续着他们的冒险…。 住在真新镇的少年小智，迎来了获得成为宝可梦训练家资格的日子，10岁的生日。心中憧憬着未曾见过的宝可梦，未曾见过的世界，小智前往了可以获得伙伴宝可梦的大木研究所，然而由于睡过头的原因，留给小智的只有一只不喜欢人类的皮卡丘。 「你讨厌我吗？但我喜欢你哦！」一开始不相合的两人，渐渐培养了友情。在旅程开始的日子，望着天空中飞过的传说中的宝可梦·凤王的身影，小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言。 「总有一天，会一起和它再见面！」 就这样，为了成为世界第一的宝可梦大师，开始旅行的小智与皮卡丘，在途中遇到了训练家麻琴（マコト）与爽志（ソウジ），并听到了有关凤王的传说。 「被虹色之羽引导，见到凤王的人，会成为虹之勇者。」不知何时藏在小智的影子中的，迷之宝可梦·玛夏多（マーシャドー）出现，并带领着小智一行人前往凤王居住的テンセイ山，不过此时强敌现身了。 两人最终能够见到凤王吗!?为了实现旅行开始那一天立下的誓言，现在，两个人最终成为「真正的伙伴」的冒险开始了！
