与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶 配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加 配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏 配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。 个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘 配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳 配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子 配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。
“我在所有领域都没有才能！！”被烙下【无能】烙印的我，依靠【招架】成为最强！ “毫无才能的少年”被如此称呼的离开养成所的男人：诺德。隐居起来的他，自那之后十多年每天都独自进行着防御技能【招架】的修行。然后在一天，自从将被灾害级魔物弥诺陶洛斯袭击的公主莉恩救下后，诺德命运的齿轮便开始向着意想不到的方向转动。尽管诺德只是个最低级的冒险者，却被提拔为莉恩的指导。然而诺德那不论是谁都不能不认同的空前绝后的能力，现在却只有诺德一人不知晓这一点。而种种可怖阴谋仍然接连向诺德与莉恩袭来！这位毫无自觉的最强人士终究能否拯救陷入危机的王国呢？！
某天，有個名叫佐藤洋的貧窮高中生走進超市，看到了半價出售的便當， 就在他伸手準備拿取之際，卻頓時被有如風暴般的「某種東西」一撞，回過神就發現自己已經倒在地上了。 原來這裡是為了爭奪半價便當而展開熾熱混戰的戰場！佐藤受到此種超乎想像的戰爭深深吸引， 因此試著與同在超市的同學‧白粉花聯手奪取半價便當，卻被突然現身的美女「寒冰魔女」打得體無完膚， 接著，那位女性對佐藤說出了……
