推理要在晚餐后

　　成神阳太（花江夏树 配音）是一位非常平凡的男子高中生，正在享受他高中生涯里的最后一个暑假。一天，正在篮球场打球的阳太邂逅了一位名叫佐藤雏（佐仓绫音 配音）神秘少女，少女告诉了阳太一个惊人的消息——“30天后，世界就会毁灭”。                                    
                               　　阳太收留了无家可归的雏，虽然对她的暴言半信半疑，但雏所展现出的准确的预知能力让阳太渐渐开始相信她所言非虚。个性沉稳成绩优异的伊座并杏子（石川由依 配音）、外表看似冷淡但实际上有着一副热心肠的国宝阿修罗（木村良平 配音）、总是懒懒散散大大咧咧的成神空（桑原由气 配音），雏很快就交到了一群好朋友。

　　故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。

　　某一日，人类平静的生活因为一种名叫“兽”的生物的侵袭而彻底画上了句号。当最后的人类威廉（新井良平 配音）从沉睡之中醒来时，他发现，已经500年过去了，而威廉的身上，承载了人类延续的最后的希望。
　　这个世界上能够和兽抗衡的，只有懂得如何使用圣剑的妖精，然而，这些妖精们将自己化为利剑，一旦能量耗尽就会面临死亡的悲惨结局。在命运齿轮的运转之下，威廉和妖精们相遇了。个性温柔体贴的珂朵莉（田所梓 配音）、沉默寡言我行我素的奈芙莲（上原明里 配音）、看上去懵懂无知其实高深莫测的艾瑟雅（Machico 配音）、率真直爽的菈恩托露可（荒浪和沙 配音），在她们的帮助之下，威廉能否夺回属于人类的领地呢？

　　东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。