神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
哪都通公司表面上是一家快递公司，实际上是国内管理异人的秘密组织，担负着维持异人和正常社会平衡的重任。然而陆南区的临时工陈朵杀死了负责人并叛逃。哪都通总部下达命令，六大区临时工联手追捕陈朵……为了保住冯宝宝的临时工身份，张楚岚、冯宝宝以及其他哪都通临时工共同前往碧游村执行任务。
又哑又瘫的豪门弃子，遇上“小天使”未婚妻，当然是坑蒙拐骗抱回家了！直到被拆骨入腹，小天使才发现，他原来是一只披着羊皮的狼！这是一个腹黑少爷“扮猪吃老虎”，一步步套路小娇妻的暖萌故事……
苏落被情敌李瑶瑶和师傅烟霞仙子抓走，洗去移形换影术露出真容，也将揭开她成迷的身世。苏落为逃出掌控，破坏烟霞仙子洞府，但自己也身受重伤落入大海，而救起她的居然是在地球刺杀她的爱人—云起，震惊之余云起爆出他知道苏落身世的秘密。而南宫动用各方力量寻找苏落。苏落是为了身世秘密选择捷径，跟背叛自己的云起走，还是回到南宫流云身边两人共同努力揭开自己想知道的。
本片故事内容以单元剧为主，在每一集中，主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为有需要的小朋友递送包裹，而观众将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠们运用各自的过人能力，帮助各个小朋友们解决困难。与此同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、了解当地有名的美食、独有闻名的运动项目、有趣的风俗习惯等。
