《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
纣王断然拒绝“天”的神谕，将之投入火炬里烧毁，公然发布反抗神族之宣言。神族之主——“天”为此勃然大怒，带领神族的天间六部与周国军队来讨伐大商国。纣王与远古神兽不死鸟分享血与肉体，得到了原本属于神族才拥有的原始界神力。可惜还是不敌“天”之无色界神力，最后功败垂成。纣王之子武庚得到母亲妲己之帮助，逃过神族的追捕。后来沦落为采矿工厂的奴隶， 武庚从不赞同父亲的做法到体验到神族所带来的不平等待遇，立志颠覆神族。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
红小豆一直梦想着被吃掉，灵魂伴侣是一颗只会废柴技能的珍珠李建勋，还有毫无存在感的芦荟Anthony，会变大变小变漂亮的枸杞赵建国。红小豆在各种甜点、食品上“工作”，尽管一直没有实现梦想，但是并不妨碍它自得其乐。
