基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
憨八龟居住在遥远的外太空星球变形星，在一场意外中，憨八龟和朋友们搭载着飞船逃往其他的星球，却在途中遭遇了空难，憨八龟一人流落到了地球上。热爱幻想的少年阿布、大大咧咧性格开朗的少女小美和智多星明仔发现了憨八龟，一行人很快就成为了好友。 受憨八龟所托，三个人类少年决定帮助它寻找失散的伙伴们。而铁甲小子、宝宝熊和百丈跳等外星来客们亦在找寻着憨八龟的踪迹。和它们一起来到地球的，还有贪婪而又邪恶的星际罪犯软骨虫，在它的挑拨离间之下，地球人对变形星人产生了误解，爆发了矛盾。憨八龟和伙伴们携手，最终能否破解软骨虫的阴谋？
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。 4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
