神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
该片讲述了一群孩子，暑假在森林玩耍，从发现“反季节生长的外来生物” 开始，到气温极速下降，从零上 40 多度，迅速降低到零下 30 多度，温差的极速变化，导致大片的植物死亡了，动物和人类生病 了，瘟疫四起，社会混乱。绿绿星球的小朋友看到美丽的家园一片狼藉，被人破坏，决心找到罪魁祸首。经过一番探寻，发现这些都是垃圾人想掠夺星球资源，而搞的破坏行为。于是一场保护“美丽家园”不受侵袭的，“爱绿色有健康”正义之战打响了。"
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
