《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
棉花糖和云朵妈妈的故事。
黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往帝都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪，为明珠学府赢得胜利。依照约定，莫凡得到凝魔神器。 荒城历练开始，众人误入了洞穴魔奴的巢穴，展开激战，成功逃脱。抵达荒城，又因误入藤蔓捕食陷阱，牵扯出对莫凡的积怨。莫凡离队独行，在泥鳅坠的指引下，收获了更多精魄。大部队遭遇了绿皮大蜥，莫凡加入帮助大部队摆脱了绿皮大蜥的纠缠。众人休憩时遭到了水蜘蛛的叮咬，队伍乱成一团。莫凡和穆宁雪合力对抗蛊惑魔蛛，经过一场恶战终于消灭了魔蛛。 众人伤亡惨重，折返路上遇到陆年，结果陆年却下了杀令，双方大打出手。莫凡一路诱敌深入，利用蜥颅巨妖威胁追敌。蜥颅巨妖的攻击猛烈，莫凡命悬一线。在疾星狼的守护下，莫凡冲破枷锁升华了星子，使出烈拳九宫脱身。陆年俘虏了众人胁迫莫凡，斩空及时赶到与陆年开战。 形式所逼，莫凡接受血利子,成功觉醒恶魔系。友情大义当前，他控制住恶魔系，救下众人。莫凡战退妖兽，现身惩治陆年。恶战结束，莫凡急需从恶魔异变之中恢复，但就连斩空也无能为力。恶魔莫凡擅自离开，生死未卜。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
