《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
11000年前，宇宙高等文明德诺文明爆发内战，烈阳星主神太阳之光毁灭了德诺星系。诺星上将杜卡奥携带德诺星系的神河超级战士基因来到银河系地球。 公元2017年，烈阳星太阳之光蕾娜来到处于核前时代的银河系地球文明，同时隐藏于地球上的神河基因得到了激活，率先觉醒基因的是划破虚空的银河之力和弑神之力诺星战神。与此同时，监视地球神河基因许久的三个集团，天使集团、恶魔集团、超神学院各自行动。华夏超神学院率先迅速行动将分散于地球的神河超级战士聚在超神学院，取名代号——雄兵连，由太阳之光蕾娜担任队长指导战士们进行先进的尖端对抗战术学习。 恶魔女王莫甘娜化名凉冰来到地球暗中传播堕落自由主义，谋划着如何消灭神圣凯莎。 天使集团派出左翼护卫彦为首的代表前往地球，而天使彦告知，冥河文明饕餮先头部队已直逼地球。 同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面……
转学生云风刚来到新校园，就被一辆从天而降的玩具车砸中。 因为这次“意外”，云风认识了邻居炎辉，也认识了智慧战车。智慧战车是痴迷轨道车的郎教授发明的，百度影音城中富商金老板一直想窃为己有获取利益。在马叔叔的帮助下，云风展示了超强的学习能力，与新朋友天翔和炎辉一起赢得了比赛胜利，没有让金老板的计谋得逞。
